فقدان فرهنگ سرمایه‌گذاری خطرپذیر، عدم شفافیت و شناخت از سرمایه‌گذران استارتاپی و وجود ابهام در سرمایه‌گذاری‌ها و تعدد نهادهای مسئول در زمینه استارتاپ‌ها از جمله چالش‌های شرکت‌های استارتاپی است که در جلسه کمیسیون نخبگان و آینده‌نگاری علم و نوآوری شورای عالی انقلاب فرهنگی به آن پرداخته شد.
در جلسه‌یکصد و دوم کمیسیون نخبگان و آینده نگاری علم و فناوری دبیرخانه شورای عالی انقلاب فرهنگی به بررسی "اکوسیستم استارتاپ کشور" اختصاص داشت و گزارش تدوین شده در این زمینه ارائه شد. در این گزارش با ارائه تعریف‌های مختلف از مفهوم "استارتاپ" و مقایسه میان این تعاریف، یک تعریف جامع از این مفهوم ارائه شد.
در ادامه این گزارش ضمن تشریح اهمیت "استارتاپ" و اثرگذاری آن در حوزه‌های مختلف مانند حوزه‌های اجتماعی، اقتصادی و فرهنگی، تاکید شده است که اکوسیستم استارتاپ ایران به واسطه عدم بلوغ و سیاست‌گذاری نامناسب دچار درهم‌ریختگی و آسیب جدی است.
در این جلسه فقدان فرهنگ سرمایه‌گذاری خطرپذیر، عدم شفافیت و شناخت از سرمایه‌گذران استارتاپی، وجود ابهام در سرمایه‌گذاری‌ها و تعدد نهادهای مسئول در زمینه استارتاپ‌ها، نبود قوانین حمایت از مالکیت فکری به عنوان مشکلات دیگر شرکت‌های استارتاپی معرفی شده است.
در ادامه این گزارش، با اشاره به خطر نفوذ و تأثیرگذاری برخی کشورها در محیط علمی و فناوری کشور از طریق استارتاپ‌ها و کارآفرینان جوان و برخی شواهد موجود در این زمینه، لزوم توجه به این موارد و تدوین پیوست فرهنگی و امنیتی در این زمینه مورد تأکید قرار گرفت.
این گزارش در تشریح مشکلات و معضلات اکوسیستم استاتاپی کشور مواردی مانند "رشد حبابی و شتاب‌زده"، "عدم ساماندهی نوآوری و فناوری کشور"، "رویکرد لوکس و تشریفاتی به استارتاپ‌ها"، "عدم تناسب نیاز کشور با توسعه کمی استارتاپ‌ها"، "اثرگذاری بر سبک زندگی" را مورد اشاره قرار داده است.
خودداری از نگاه بدبینانه به این بخش، تفکیک میان مفهوم شرکت دانش‌بنیان و استارتاپ، ارائه تعریف دقیق از مفاهیم، استناد گزارش‌ها به آمارهای متقن و میزان اثرگذاری فعالیت‌های استارتاپی در اقتصاد و اشتغال پایدار از دیگر موضوعاتی است که در کمیسیون نخبگان و آینده‌نگاری علم و نوآوری به آن پرداختند.