با افزایش گردش مالی حوزه زیست‌بوم اقتصاد دانش‌بنیان، پیچیدگی‌ها و مسائل حقوقی شرکت‌های فناور و دانش بنیان نیز افزایش یافته است.
بر این اساس مرکز شرکت‌های دانش بنیان معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری، اقدام به ارائه خدمات حقوقی کرده است. این خدمات در دو سرفصل مشاوره‌های حقوقی و مالکیت فکری و تدوین قراردادهای حقوقی به شرکت‌های دانش بنیان ارائه می‌شود.
کمک به تدوین قراردادهای حقوقی
شرکت‌های دانش بنیان برای خرید مواد اولیه، فروش کالا، دریافت تسهیلات، تنظیم مسائل مربوط به مالیکت فکری و موارد متعدد باید قرارداد تنظیم کنند. با توجه به گستردگی مسائل مربطو به قانون، لازم است تا این شرکت‌ها برای هر مورد مشخص، مشاوره‌های تخصصی دریافت کنند. کمک به تدوین قراردادهای حقوقی یکی از حوزه‌های است که شرکت‌های دانش بنیان برای آن مشاوره دریافت می‌کنند.
مشاوره حقوقی در زمینه حقوق قراردادها شامل مواردی مانند ویرایش و نگارش قراردادهای تجاری، قوانین تجارت، ثبت تغییرات اساسنامه و هیات مدیره شرکت و قوانین اسناد تجاری است.
مشاوره حقوق و مالکیت فکری
اختراعات، ابتکارات، ایده‌ها و موارد مشابه از جمله ارزشمند‌ترین داشته‌های شرکت‌های دانش‌بنیان محسوب می‌شوند.
براین اساس لازم است تا این شرکت‌ها از کلیه جزئیات مرتبط با حفاظت حقوقی از دارایی‌های فکری مطلع باشند. به همین خاطر بسته خدمتی تخصصی تدوین شده در این حوزه به شرکت‌های دانش بنیان عرضه می‌شود. بهره‌مندی از خدمات مشاوره در سرفصل‌های حقوق کسب و کار، حقوق بین الملل، تبادل فناوری و استفاده از محتوای پتنت و مانند این، از جمله خدماتی است که در این بخش در نظر گرفته شده است.
مشاوره در حوزه قانون کار
مشاوره قانون کار شامل مشاوره پیرامون کلیه قوانین کار روابط کار، مدیریت کارخانه، امور اداری و پرسنلی و همچنین تهیه و تنظیم لایحه دفاعیه جهت ارایه به سازمان مربوطه می‌شود. بررسی قراردادها از نظر قوانین کار و ارائه خدمات مشاوره‌ای قبل و بعد از استخدام نیز بخش دیگری از این بسته خدمتی است.شرکت های مورد حمایت می‌توانند با استفاده از خدمات این بخش به قرارداد مورد نیاز خود دست یابند.
دفتر مصالحه و ارجاع به داوری معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری
اختلافات حقوقی به سه روش صلح و سازش، داوری و محاکم قضایی حل می‌شود. از آن جایی که حل اختلاف از طریق محاکم قضایی پر‌هزینه و طولانی مدت است، بنابراین شرکت‌ها تمایل بیشتری به حل اختلاف از طریق صلح و سازش و یا داوری دارند. دفتر مصالحه و ارجاع به داوری معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری به منظور حل و فصل اختلافات بازرگانی داخلی و خارجی شرکت‌های دانش بنیان راه اندازی شده است. شرکت‌های دانش بنیان برای مصالحه و یا داوری می‌توانند به این دفتر مراجعه کنند و از مشاوران و وکلا حقوقی خبره آن به‌صورت رایگان استفاده کنند. در صورت عدم مصالحه نیز، این دفتر موضوع داوری را به مراکز داوری همکار ارجاع داده و بخشی از هزینه آن را پوشش می‌دهد.