خدمات بیمه‌ای مرکز شرکت‌های دانش‌بنیان معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری از تنوع قابل توجهی برخوردار است. یکی از این خدمات، معافیت حق بیمه قراردادهای دانش‌بنیان، است.
بر اساس قانون در قراردادهای منعقد شده توسط شرکت‌های تجاری، بخشی از حق بیمه تامین اجتماعی باید توسط شرکت پرداخت شود. معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری در راستای تسهیل این موضوع، یک تفاهم‌نامه با سازمان تامین اجتماعی منعقد کرد.
طی تفاهم صورت گرفته، کلیه قراردادهای دانش‌بنیان که به تأیید معاونت برسند از پرداخت ضرایب حق بیمه قراردادها معاف خواهند بود. این خدمت می‌تواند بار مالی ناشی از هزینه‌های قراردادهای مختلف کاری را برای شرکت‌های دانش‌بنیان کاهش دهد. زیرا برخی اوقات سهم حق بیمه پرداختی، بسیار بالا است و مبالغ قابل توجهی را در بر می‌گیرد.
پس از فعال شدن این خدمت، فعالان دانش‌بنیان استقبال شایانی از آن به عمل آوردند. با توجه به اینکه برخورداری از این معافیت نیازمند اخذ نامه تاییدیه از معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری است، متقاضیان برای دریافت تاییدیه باید حضوراً مراجعه می‌کردند.
با توجه به این که مرکز شرکت‌های دانش‌بنیان تقریباً تمام خدمات خود را به صورت آنلاین ارائه می‌کند. این خدمت را نیز به صورت آنلاین عرضه کرد.
با هدف تسریع فرآیند ارزیابی و صدور نامه معافیت از ضرایب حق بیمه قراردادها، از این پس فرآیند ارزیابی و صدور این نامه‌ها به صورت برخط و در سامانه ارزیابی و تشخیص صلاحیت شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان انجام می‌شود.